國防部海軍司令部

• 1912年4月，袁世凱繼任中華民國臨時大總統，北洋政府設海軍部。 ^[4]
• 1928年12月，國民政府成立海軍署。
• 1929年6月，國民政府裁併海軍署，成立海軍部，直隸於國民政府行政院。
• 1938年1月31日，海軍部改編為海軍總司令部。
• 1945年9月，國民政府在軍政部之下增設海軍處。
• 1945年12月，國民政府撤銷海軍總司令部。
• 1946年4月，海軍處擴編為海軍署，仍隸軍政部。
• 1946年6月1日，海軍署擴編為海軍總司令部；同年10月16日正式成立，隸屬國防部。
• 1949年5月，海軍總司令部遷至高雄市左營區。
• 1954年4月，海軍總司令部遷至臺北市中山區大直。
• 2002年3月，海軍總司令部改稱「國防部海軍總司令部」。
• 2006年2月16日，因應《國防部組織法》規定，海軍總司令部改稱「國防部海軍司令部」^[4]。
• 2013年1月28日，海軍「合永專案」，自行研發建造的首艘艇「合永艇」、第二艘艇「合茂艇」及第三艘艇「合壽艇」在左營軍港東碼頭編成，未來正式加入兩棲登陸作戰序列，為海軍增添重要戰力^[5]。

國防部海軍司令部^[3][6]（駐臺灣臺北市中山區大直營區）

• 司令 一位 二級上將
• 副司令 二位 中將
• 參謀長 一位 中將
• 副參謀長 二位 少將
• 司令部士官督導長 一位 士官長

部本部單位^[3]

• 政治作戰室 （主任 一位 中將、副主任 一位 少將）
• 督察長室（督察長 一位 少將、副督察長 一位 上校）
• 人事軍務處（處長 一位 少將）
• 軍事情報處（處長 一位 上校）
• 戰備訓練處（處長 一位 少將）
• 後勤處（處長 一位 少將）
• 計畫處（處長 一位 少將）
• 戰鬥系統處 （處長 一位 少將）
• 主計處（處長 一位 上校）

直屬單位^[3]

• 海軍造船發展中心（主任少將一位、副主任上校一位）
• 海軍通信系統指揮部^[6]（指揮官 上校 一位、副指揮官 上校 一位）
  • 海軍左營通信隊
  • 海軍臺北通信隊
  • 海軍蘇澳通信隊
  • 海軍馬公通信隊
• 海軍大氣海洋局（局長 上校 一位、副局長 上校 一位）
• 海軍勤務大隊
• 海軍照相情報隊
• 南部地區人才招募中心
• 海軍軍官學校（校長 少將 一位、教育長 上校 一位）

• 海軍艦隊指揮部^[6]（指揮官中將一位、副指揮官少將一位、參謀長少將一位、副參謀長上校二位、政戰主任少將一位、政戰副主任上校一位，駐海軍左營基地左營港東碼頭—— 「？？部隊」）
  • 海軍第一二四艦隊（艦隊長 少將、副艦隊長 上校）
  • 海軍第一三一艦隊（艦隊長 少將、副艦隊長 上校）
  • 海軍第一四六艦隊（艦隊長 少將、副艦隊長 上校）
  • 海軍第一五一艦隊（艦隊長 少將、副艦隊長 上校）
  • 海軍第一六八艦隊（艦隊長 少將、副艦隊長 上校）
  • 海軍第一九二艦隊（艦隊長 少將、副艦隊長 上校）
  • 海軍第二五六戰隊（戰隊長 少將、副戰隊長 上校）
  • 海軍反潛航空大隊（大隊長 上校、副大隊長 上校）
  • 海軍海鋒大隊（大隊長 上校、副大隊長 上校）
  • 海上戰術偵蒐大隊（大隊長 上校、副大隊長 中校）
  • 海軍海洋監偵指揮部（指揮官 少將、副指揮官 上校）
  • 海軍金門基地指揮部（指揮官 上校、副指揮官 中校）
  • 海軍馬祖基地指揮部（指揮官 中校）
  • 海軍東引基地指揮部（指揮官 中校）

• 海軍陸戰隊指揮部（指揮官 一位 中將、副指揮官 一位 少將、參謀長 一位 少將、副參謀長 二位 上校、政戰主任 一位 少將、政戰副主任 一位 上校，駐臺灣高雄市左營區）
  • 海軍陸戰隊陸戰第六六旅（駐臺灣桃園市龜山區）——「先鋒部隊」（旅長 一位 少將）
  • 海軍陸戰隊陸戰第九九旅（駐臺灣高雄市林園區）——「鐵軍部隊」（旅長 一位 少將）
  • 海軍陸戰隊防空警衛群（駐臺灣高雄市左營區）——「鐵衛部隊」（指揮官 一位 上校）
  • 海軍陸戰隊烏坵守備大隊（駐福建省金門縣烏坵鄉）（大隊長 一位 上校）
  • 海軍陸戰隊兩棲偵搜大隊（駐臺灣高雄市左營區）（大隊長 一位 上校）
    • 特勤中隊
    • 爆破中隊（詳見：海軍水中爆破大隊）
    • 偵搜第一中隊
    • 偵搜第二中隊
    • 支援中隊
  • 海軍陸戰隊登陸戰車大隊（駐臺灣高雄市左營區）（大隊長 一位 上校）
  • 海軍陸戰隊戰鬥支援大隊（駐臺灣高雄市左營區）（大隊長 一位 上校；由海軍陸戰隊隊部營、補保大隊、通資電大隊、灘岸勤務大隊合併編成，區分8個中隊）
    • 通電中隊
    • 通資中隊
    • 灘勤中隊
    • 岸勤中隊
    • 衛勤中隊
    • 補保中隊
    • 運輸中隊
    • 支援中隊（由海軍陸戰隊隊部營併編而成）
  • 三軍聯合作戰訓練基地指揮部（駐臺灣省屏東縣車城鄉）（指揮官 一位 少將）

• 海軍教育訓練暨準則發展指揮部^[3]（指揮官中將一位、副指揮官少將一位、參謀長上校一位、海軍／陸戰隊副參謀長上校各一位、政戰主任上校一位、政戰副主任上校）
  • 海軍技術學校校長少將一位
  • 海軍陸戰隊學校
  • 海軍新兵訓練中心
  • 海軍陸戰隊新兵訓練中心^[7]

• 海軍保修指揮部^[6]（指揮官少將一位、副指揮官上校一位）
  • 海軍基隆後勤支援指揮部
  • 海軍蘇澳後勤支援指揮部
  • 海軍左營後勤支援指揮部
  • 海軍馬公後勤支援指揮部
  • 海軍戰鬥系統工廠廠長少將一位
  • 海軍補給總庫

• 董翔龍中將（2006－2006）63
• 陳永康中將（2006－2008）63
• 姜龍安中將（2008－2010）65
• 李　皓中將（2010－2011）66
• 黃曙光中將（2011－2012）68
• 許培山中將（2012－2013）67
• 高天忠中將（2013－2014）69
• 蕭維民中將（2014－2015）70
• 劉志斌中將（2016－2016）73
• 梅家樹中將（2016－2016）74
• 李宗孝中將（2017－2018）74
• 敖以智中將（2019－2021）76
• 蔣正國中將（2021－2023）77
• 吳立平中將（2023－2024）78
• 邱俊榮中將（2024－至今）79

• 中華民國國防部
  • 國防部陸軍司令部
  • 國防部空軍司令部
• 中華民國海軍

• 國防部海軍司令部 （页面存档备份，存于互联网档案馆）（繁體中文）（英文）