核酸序列

核酸核苷酸的一部分; 連續的字母表示脱氧核糖核酸內的核苷酸（使用GACT）或核糖核酸（GACU）分子的順序

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核酸序列（英語：Nucleic acid sequence）是指核酸結構中的含氮鹼基，共有四種，分別為A（腺嘌呤）、T（胸腺嘧啶）、C（胞嘧啶）、G（鳥糞嘌呤），並且有無窮盡的線性排列組合來表達基因，而各個基因都具有獨特的鹼基序列^[1]^{[查证请求]}。两个碱基形成一个碱基对，碱基对的配对规律是固定的，即A配對T，C配對G。三个相邻的碱基对形成一个密码子。一种密码子对应一种氨基酸，不同的氨基酸合成不同的蛋白质。在DNA的复制及蛋白质的合成过程中，碱基配对规律是十分关键的。

DNA的字母排列有A、C、G、T，(RNA則為A、U、C、G，詳見RNA)。鹼基對會无间隔的排列在一起，例如序列AAAGTCTGAC。任意长度大于4的一串核苷酸被称作一个序列。关于它的生物功能，则依赖于上下文的序列，一个序列可能被正读，反读；包含编码或者无编码。DNA序列也可能包含非編碼DNA。

核酸也具有二级结构和三级结构。一级结构有时被错误地称为一级序列。相反，没有并行的二级或三级序列概念。

核苷酸编辑

部分mRNA分子中的一系列密码子。每个密码子由三个核苷酸组成，通常代表单个氨基酸。

核酸由称为核苷酸的连接单位的长链组成。每个核苷酸由三个亚基组成：磷酸基团和糖（在RNA的情况下是核糖，而在DNA中的脱氧核糖）构成核酸链的骨架，并且与糖连接是一组核碱基之一。核碱基在链的碱基对中是重要的，以形成更高级的二级结构和三级结构，例如着名的双螺旋。

可能的字母是A，C，G和T，代表DNA链的四个核苷酸碱基 - 腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，胸腺嘧啶 - 与磷酸二酯骨架共价连接。在典型情况下，序列无间隙地相互邻接被印刷，如AAAGTCTGAC序列中从5'到3'方向从左到右读。关于转录，如果序列与转录的RNA具有相同的顺序，则序列位于编码链上。

一个序列可以与另一个序列互补性(分子生物学)（英语：Complementarity (molecular biology)），这意味着它们在互补的每个位置上具有碱基（即A至T，C至G）并且以相反的顺序。例如，TTAC的互补序列是GTAA。如果双链DNA的一条链被认为是有义链（sense strand），那么被认为是反义链的另一条链将具有与有义链的互补序列。

符号编辑

比较和确定两个核苷酸序列之间的％差异。

AATCCGCTAG
AAACCCTTAG
给定两个10个核苷酸的序列，将它们排成一行并比较它们之间的差异。通过将不同DNA碱基的数量除以核苷酸的总数来计算相似性百分比。在上述情况下，10个核苷酸序列存在三个差异。因此，将7/10除以得到70％的相似度，并从100％减去得到30％的差异。

虽然A，T，C和G代表某个位置的特定核苷酸，但也有代表模糊性的字母，当在该位置可能出现一种以上的核苷酸时使用这些字母。国际纯粹与应用化学联合会（IUPAC）的规则如下^[2]：

符号^[3]	描述	被表现碱基					互补碱基
A	腺嘌呤	A				1	T
C	胞嘧啶		C				G
G	鸟嘌呤			G			C
T	胸腺嘧啶				T		A
U	尿嘧啶				U		A
W	Weak	A			T	2	W
S	Strong		C	G			S
M	胺	A	C				K
K	酮			G	T		M
R	嘌呤	A		G			Y
Y	嘧啶		C		T		R
B	除A外 (B comes after A)		C	G	T	3	V
D	除C外 (D comes after C)	A		G	T		H
H	除G外 (H comes after G)	A	C		T		D
V	除T外 (V comes after T and U)	A	C	G			B
N	任何 Nucleotide (not a gap)	A	C	G	T	4	N
Z	0					0	Z

这些符号对RNA也有效，除了用U（尿嘧啶）代替T（胸腺嘧啶）^[2]。

除了腺嘌呤（A），胞嘧啶（C），鸟嘌呤（G），胸腺嘧啶（T）和尿嘧啶（U）之外，DNA和RNA还含有在核酸链形成后已被修饰的碱基。在DNA中，最常见的修饰碱是5-甲基胞苷（m5C）。在RNA中，有许多修饰的碱基，包括假尿苷（Ψ），二氢尿苷（D），肌苷（I），核糖胸苷（rT）和7-甲基鸟苷（m7G）^[4]^[5]。次黄嘌呤和黄嘌呤是通过诱变剂存在产生的许多碱中的两种，它们都通过脱氨作用（用羰基取代胺基）。次黄嘌呤是由腺嘌呤产生的，而黄嘌呤是由鸟嘌呤产生的^[6] 。类似地，胞嘧啶的脱氨基作用导致尿嘧啶。