腔棘魚綱

根據魚類分類學網站 DeepFin 所採用的分類方案（即2017年美国学者 Betancur-R 等人修订的硬骨魚系統發育分類），在不納入史前類群的情況下，腔棘魚綱和肺魚四足綱是構成肉鳍鱼总纲的兩大基礎分支，二者互為姊妹群，並與其他現生硬骨魚類形成如下分化關系：^[2]

硬骨鱼高纲	辐鳍鱼总纲    腕鳍鱼纲 Cladistia   輻鰭魚綱    软质亚纲 Chondrostei   新鰭亞綱    全骨下纲 Holostei      真骨下纲 Teleostei    Neopterygii   Actinopteri   Actinopterygii  肉鳍鱼总纲    腔棘魚綱 Coelacanthimorpha   肺魚四足綱    肺鱼亚纲 Dipnomorpha      四足形亚纲 Tetrapodomorpha    Dipnotetrapodomorpha   Sarcopterygii
Osteichthyes
	軟骨魚綱 Chondrichthyes （外类群）

結合1995–2012年間的相關資料，腔棘魚綱內部假定的分化關系如下（符號 † 表示已滅絕）：^{[4][5][6][7][8]}

• 腔棘魚綱 Coelacanthimorpha（符號 † 表示已滅絕）
  • †米瓜夏鱼科 Miguashaiidae（泥盆纪）
    • †Gavinia
    • †米瓜夏鱼属 Miguashaia
  • †重尾魚科 Diplocercidae（泥盆纪至石炭纪早期）
    • †Dictyonosteus
    • †重尾魚屬 Diplocercides（Nesides）
  • †瞬鱼科 Hadronectoridae（並系群）
    • †異翅魚屬 Allenypterus
    • †瞬鱼属 Hadronector
    • †全鳍鱼属 Holopterygius
    • †Lochmocercus
    • †多鼻骨鱼属 Polyosteorhynchus
    • †Spermatodus
  • †棒鱼科 Rhabdodermatidae（石炭纪）
    • †吮虾鱼属 Caridosuctor
    • †棒鱼属 Rhabdoderma
    • †Sassenia
  • †前鳍鱼科 Laugiidae（三叠纪晚期至白垩纪晚期）
    • †Coccoderma
    • †前鳍鱼属 Laugia
    • †Trachymetopon
  • 腔棘魚目 Coelacanthiformes（泥盆纪早期至今）
    • †懷特魚科 Whiteiidae
    • †叛逆腔棘鱼科 Rebellatricidae
    • 矛尾鱼亚目 Latimerioidei
      • †Garnbergia
      • †莫森氏魚科 Mawsoniidae
      • 矛尾鱼科 Latimeriidae