座囊菌綱

座囊菌亚纲（Dothideomycetidae）编辑

• 煤炱目 Capnodiales
• 座囊菌目 Dothideales
• 多腔菌目 Myriangiales

格孢菌亚纲（Pleosporomycetidae）编辑

• 纵裂菌目 Hysteriales
• Jahnulales
  • Aliquandostipitaceae
  • Manglicolaceae
• Mytilinidiales
• 格孢菌目 Pleosporales

亚纲地位未定的目编辑

• Abrothallales
  • Abrothallaceae
• 葡萄座腔菌目 Botryosphaeriales
• 小盾壳目 Microthyriales
• Muyocopronales
  • Muyocopronaceae
    • 小阿泽壳属 Arxiella Papendorf
    • Ellisiodothis
    • Haplopeltis
    • Leptodiscella Papendorf
    • Muyocopromyces
    • Muyocopron
    • Mycoleptodiscus
    • Myiocopron
    • Neocochlearomyces Pinruan, Sommai, Suetrong, J.Z.Groenew. & Crous, 2018
    • Neomycoleptodiscus Hern.-Restr., J.D.P.Bezerra & Crous, 2019
    • Peltella
    • Peltopsis
    • Pseudopalawania Mapook & K.D.Hyde, 2020
    • Quadrisporella
    • Setoapiospora Mapook & K.D.Hyde, 2020
• 胶皿菌目 Patellariales
• Trypetheliales

目的地位未定的科：

• Alinaceae
• 孔囊菌科 Ascoporiaceae
• 盾乳头衣科 Aspidotheliaceae
• Balladynaceae
• Barbatosphaeriaceae
• 小泡囊菌科 Brefeldiellaceae
• Catinellaceae
• Cleistosphaeraceae
• Dimeriaceae
• 二孢炱科 Diporothecaceae
• Dysrhynchaceae
• 内穴炱壳科 Englerulaceae
• 始地菇科 Eoterfeziaceae
• 沙漠壳菌科 Eremomycetaceae
• Eriomycetaceae
• Excipulaceae
• Homortomycetaceae
• Hyalomeliolinaceae
• 华美孢科 Lautosporaceae
• 乳壳衣科 Mastodiaceae
• 亚小煤炱菌科 Meliolinaceae
• 莫斯尼菌科 Mesnieraceae
• Murramarangomycetaceae
• Nematotheciaceae
• Neoparodiaceae
• Nowamycetaceae
• Palawaniaceae
• Paranectriellaceae
• Perisporiopsidaceae
• Phaeodimeriellaceae
• Pododimeriaceae
• Polyclypeolinaceae
• 多口壳科 Polystomellaceae
• 始杯衣科 Protoscyphaceae
• 假残孢壳科 Pseudoperisporiaceae
• Pseudorobillardaceae
• Pyrenothricaceae
• Rhizodiscinaceae
• 粉盘菌科 Roesleriaceae
• 沙卡氏菌科 Saccardiaceae
• 塞拉菌科 Seuratiaceae
• Seynesiopeltidaceae
• Stomatogenaceae
• Stomatogeneceae
• Thyrinulaceae
• Toroaceae
• Trichopeltinaceae
• 葚孢点盾座菌科 Vizellaceae

目和科的地位未定的属：

• Acremoniula G.Arnaud, 1954
• Aenigmatomyces R.F.Castañeda Ruiz & W.B.Kendrick, 1994
• Alascospora H.A.Raja, H.A.Violi & C.A.Shearer, 2010
• Allosoma
• Anthracostroma Petr., 1954
• Aplosporidium
• Aquamarina Kohlm., Volkm.-Kohlm. & O.E.Erikss., 1996
• Ascominuta V.M.Ranghoo & K.D.Hyde, 2000
• Ascostratum H.Sydow & P.Sydow, 1912
• Asteromella Pass. & Thüm.
• Atrosynnema
• Austropleospora R.G.Shivas & L.Morin, 2010
  • Austropleospora keteleeriae Jayasiri, E.B.G.Jones & K.D.Hyde
  • Austropleospora ochracea L.S.Dissan, J.C.Kang & K.D.Hyde
  • Austropleospora osteospermi R.G.Shivas & L.Morin
• Bahugada K.A.Reddy & V.G.Rao, 1984
• Bahusakala Subram.
• Belizeana Kohlm. & Volkm.-Kohlm., 1987
• Bertossia
• Biciliopsis
• Bleximothyrium L.Le Renard, R.A.Stockey, G.R.Upchurch & M.L.Berbee, 2021
• Botryohypoxylon Samuels & J.D.Rogers, 1986
• Brachyconidiella R.F.Castañeda & W.B.Kendr., 1990
• Braunomyces
• Brevicatenospora R.F.Castañeda, Minter & Saikawa, 2006
• Bryothele Döbbeler, 1998
• Capillataspora K.D.Hyde, 1989
• Capnogonium Bat. & Peres
• Capsicispora
• Catinella
• Catulus D.W.Malloch & C.T.Rogerson, 1978
• Ceratonema Persoon, 1822
• Cerodothis B.N.Muthappa, 1969
• Chaetonectrioides T.Matsushima, 1996
• Chermomyces Brain, 1923
• Ciferriomyces
• Clypeostroma Theiss. & Syd., 1914
• Coccochorella
• Condylospora Nawawi
• Coniothyriopsis
• Crauatamyces Viégas, 1944
• Cryomyces Selbmann, de Hoog, Mazzaglia, Friedmann & Onofri, 2005
• Cyrtidium Vainio, 1921
• Cyrtidula Minks
• Cyrtopsis Vainio, 1921
• Dactylidina
• Dawsomyces
• Dawsophila P.Döbbeler, 1981
• Didymocyrtidium Vainio, 1921
• Didymopleella Munk
• Dilophia
• Dilophospora Desm.
• Diplochorina Gutner, 1933
• Dipyrgis Clements, 1909
• Disculina Höhn.
• Dolabra
• Dryinosphaera Dumortier, 1822
• Elaeomyces Kirchner, 1888
• Elmerinula H.Sydow, 1934
• Enduria Norman, 1885
• Epibotrys
• Exosporina Oudemans, 1904
• Floridaphiala
• Fragosoa
• Frondisphaeria K.D.Hyde, 1996
• Globoa A.C.Batista & H.S.Maia, 1962
• Gloeodiscus R.W.G.Dennis, 1961
• Grandigallia M.E.Barr, R.T.Hanlin, L.Cedeño, J.Parra & R.Hernandez, 1987
• Griggsia F.L.Stevens & Dalbey, 1919
• Harknessiella P.A.Saccardo, 1889
• Harmandiana Bouly de Lesdain, 1914
• Hassea A.Zahlbruckner, 1902
• Heliocephala V.G.Rao et al.
• Heterosphaeriopsis J.Hafellner, 1979
• Hiospira R.T.Moore, 1962
• Hobsoniopsis D.Hawksw.
• Hyalocrea H.Sydow & P.Sydow, 1917
• Hyalosphaera F.L.Stevens, 1917
• Hyalotexis
• Iledon Samuels & J.D.Rogers, 1986
• Isomunkia
• Italiofungus Crous, 2020
• Keratosphaera H.B.P.Upadhyay
• Kirschsteiniella
• Kullhemia P.A.Karsten, 1878
• Kusanobotrys P.C.Hennings, 1904
• Lanatosphaera M.Matzer, 1996
• Laterotheca Bat.
• Lazarenkoa Zerova, 1938
• Lembosiniella Crous, 2019
• Leucographa Nylander, 1857
• Leveillina Theissen & H.Sydow, 1915
• Lidophia J.Walker & B.Sutton
• Limboria Ach.
• Lithopythium Bornet & Flahault, 1891
• Lophiosphaerella Hara, 1948
• Lopholeptosphaeria Sousa da Câmara, 1932
• Marisolaris Jørg.Koch & E.B.G.Jones, 1989
• Marquesius L.B.Conc., R.F.Castañeda & Gusmão
• Massariola Füisting, 1868
• Melanochlamys
• Microcyclella Theissen, 1914
• Micromastia Spegazzini, 1909
• Minteriella G.Heredia, R.F.Castañeda Ruiz & R.M.Arias, 2012
• Moriolomyces Cif. & Tomas.
• Mucomassaria Petrak & Ciferri, 1932
• Muellerites
• Mycocryptospora J.Reid & C.Booth, 1987
• Mycoporis Clements, 1909
• Myriangiopsis P.Hennings, 1902
• Myriostigmella G.Arnaud
• Mytilostoma P.A.Karsten, 1880
• Naemosphaera (Saccardo) Saccardo, 1892
• Nemacola Massalongo, 1855
• Neomackenziella
• Neoramularia U.Braun
• Neosonderhenia Crous, 2019
• Neothyriopsis Crous, 2019
• Neoventuria H.Sydow & P.Sydow, 1919
• Paraproliferophorum
• Parmulariella P.C.Hennings, 1904
• Peltaster Syd. & P.Syd.
• Peroschaeta Batista & A.F.Vital, 1957
• Phacidiostromella F.von Höhnel, 1917
• Phaeocyrtidula Vainio, 1921
• Phaeoglaena Clements, 1909
• Phaeopeltosphaeria Berlese & Peglion, 1892
• Phaeosperma Nitschke ex Fuckel, 1870
• Phaeospora
• Phaeotomasellia K.Katumoto, 1981
• Phanerococculus Ciferri, 1954
• Phanerococcus
• Phelonitis F.F.Chevallier, 1826
• Philobryon P.Döbbeler, 1988
• Phragmoscutella Woronichin & Abramov, 1926
• Phycorella P.Döbbeler, 1980
• Placodothis H.Sydow, 1928
• Plagiophiale
• Plagiostromella F.von Höhnel, 1917
• Plectophoma
• Pleosphaerellula Naumov & Czerepanova, 1952
• Pleosphaeropsis (Diedicke) Petrak & Sydow, 1926
• Pleotrichiella A.Sivanesan, 1984
• Pleurostromella Petr., 1922
• Podoconis
• Polhysterium
• Polysporidiella F.Petrak, 1960
• Polystomellopsis F.Stevens, 1924
• Porterula
• Potamomyces K.D.Hyde, 1995
• Prolisea
• Protographum
• Pseudoarthrographis Crous & Thangavel, 2018
• Pseudoconlarium N.G.Liu, K.D.Hyde & J.K.Liu, 2020
• Pseudoepicoccum M.B.Ellis
• Pseudomorfea E.Punithalingam, 1981
• Pseudopleospora Petr.
• Pteromycula P.F.Cannon
• Pteropus R.W.Ham, 2005
• Pyrenochium Link, 1833
• Pyrenocyclus Petrak, 1955
• Pyrenostigme H.Sydow, 1926
• Quasiphoma
• Rachidicola K.D.Hyde & J.Fröhlich, 1995
• Radulidium Arzanlou, W.Gams & Crous
• 层出孢属 Repetophragma Subram.
• Rostafinsckia Spegazzini, 1880
• Rostafinskia Speg.
• Roumegueria (P.A.Saccardo) P.C.Hennings, 1908
• Rupestriomyces Lei Su, Li Y.Guo & Xing Z.Liu, 2015
• Sampaioa
• Santiella
• Saxomyces L.Selbmann & D.Isola, 2017
• Soloacrosporiella Crous & M.J.Wingf., 2015
• Sorothelia
• 休氏霉属 Stanjehughesia
• Stictochorella Höhn., 1917
• Stictochorellina
• Stigmea E.M.Fries, 1836
• Stomatothyrium L.Le Renard, R.A.Stockey, G.R.Upchurch & M.L.Berbee, 2021
• Tamsiniella S.-W.Wong, K.D.Hyde, W.-H.Ho & S.J.Stanley, 1998
• Teichosporella (P.A.Saccardo) P.A.Saccardo, 1895
• Thelenidia Nyl., 1886
• Thryptospora Petrak, 1947
• Tilakiella B.V.Srinivasula, 1973
• Tomeoa I.Hino, 1954
• Trichoplacia A.Massalongo, 1853
• Trichospora
• Wernerella P.Navarro-Rosinés, C.Roux & M.Giralt, 1998
• Westea H.J.Swart, 1988
• Wilsoniella E.B.G.Jones
• Wongia
• Xylosphaeria G.H.Otth, 1869