Bakterier

Bakterier (gresk βακτήριον [bakterion] = «liten stav») er encellede mikroorganismer. De er typisk bare noen få mikrometer lange og kan ha mange forskjellige former, eksempler på disse fasongene er stavbakterier, kokker og spiriller. Studien av bakterier er en gren av mikrobiologien. Bakterier er allestedsnærværende på jorden og kan leve i alle slags miljøer. De har blitt påvist i jordsmonn, radioaktiv væske og varme kilder for å nevne noen.^[3] Det er om lag 40 millioner bakterieceller i et gram jord og én million bakterieceller i en milliliter ferskt vann; i hele verden er det omtrent fem kvintillioner (5×10³⁰) bakterier.^[4] Bakterier spiller en vital rolle i resirkulering av næringsstoffer, og mange prosesser er avhengige av bakterier, slik som fiksering av nitrogen fra atmosfæren.

Bakterier
Escherichia coli-celler forstørret 25 000 ganger
Vitenskapelig(e) navn:	Bacteria, Eubacteria
Norsk(e) navn:	bakterier, ekte bakterier
Hører til:	liv
Antall arter:	opp til 10 000[1][2]
Habitat:	overalt
Utbredelse:	hele jorden
Delgrupper:	Actinobacteria Aquificae Chlamydia Bacteroidetes/Chlorobi Chloroflexi Chrysiogenetes blågrønnbakterier (Cyanobacteria) Deferribacteres Deinococcus-Thermus Dictyoglomi Fibrobacteres/Acidobacteria Firmicutes Fusobacteria Gemmatimonadetes Lentisphaerae Nitrospirae Planctomycetes Proteobacteria Spirochaetes Thermodesulfobacterium Thermomicrobia Thermotogae Verrucomicrobia

Flesteparten av disse bakteriene har imidlertid ikke blitt beskrevet, og kun halvparten av stamtreet har arter som kan bli dyrket frem i laboratoriet.^[5]Det kan være mange flere bakterieceller enn menneskeceller i en menneskekropp, med høyest innhold på huden og i endetarmen.^[6] Likevel er majoriteten av disse bakteriene uskadelige, men heller fordelaktig for «naturens husholdning» og de forskjellige livsprosessene.^[7] Noen få bakterier er patogene for mennesker, eksempel på sykdommer som blir fremkalt av bakterier er kolera, syfilis, miltbrann og svartedauden. De mest fatale infeksjonssykdommene er de som hemmer åndedrettssystemet, med tuberkulose som alene dreper omtrent to millioner mennesker per år.^[8]

Ukritisk bruk av antibiotika til å behandle bakterielle infeksjoner og i forskjellige jordbruksprosesser har gjort at antibiotikaresistens har blitt et stort problem, både i industrialiserte land og i utviklingsland. Restriktiv bruk av antibiotika bl.a. i Norge gjør at det her har vært et noe mindre problem. Forebygging, hygieniske tiltak og ikke-medikamentell behandling blir dermed viktigere, for eksempel vil mange bakterier hemmes eller drepes av sølv.

Bakterier er også viktig i industrien, de blir blant annet benyttet til å behandle avfallsvann, produksjon av ost og yoghurt, de blir også anvendt i produksjon av antibiotika og andre kjemikalier.^[9]

Bakterier er prokaryoter. Ulikt dyreceller^[10] og andre eukaryoter, inneholder bakteriecellene ingen cellekjerne og har sjelden membran-bundet organeller. Likeledes inkluderer begrepet bakterier tradisjonelt alle prokaryoter, den vitenskapelige nomenklaturen etter oppdagelsen av prokaryotisk liv består av to forskjellige typer av organismer som utviklet seg uavhengig av hverandre fra samme stamfar. Disse evolusjonære områdene blir kalt bakterier og archaea.^[11]

Bakterienes plassering

^ Vanskelig å sette et estimat på antall arter prokaryoter

^ Fredrickson J, Zachara J, Balkwill D; m.fl. (2004). «Geomicrobiology of high-level nuclear waste-contaminated vadose sediments at the hanford site, Washington state». Appl Environ Microbiol. 70 (7): 4230–41. PMID 15240306. Arkivert fra originalen 29. september 2008. Besøkt 5. august 2007. CS1-vedlikehold: Eksplisitt bruk av m.fl. (link)CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Whitman W, Coleman D, Wiebe W (1998). «Prokaryotes: the unseen majority». Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (12): 6578–83. PMID 9618454. Arkivert fra originalen 5. mars 2008. Besøkt 5. august 2007. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Rappé M, Giovannoni S. «The uncultured microbial majority». Annu Rev Microbiol. 57: 369–94. PMID 14527284. 

^ Sender, R., Fuchs, S. & Milo, R. (2016). «Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body» (PDF). BioReXiv beta. Besøkt 14. januar 2016. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Caplex, «Bakterier»

^ 2002 WHO mortality data Accessed 20 January 2007

^ Ishige T, Honda K, Shimizu S (2005). «Whole organism biocatalysis». Curr Opin Chem Biol. 9 (2): 174–80. PMID 15811802. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Dyreceller=Våre celler, inneholder cellekjerne. Se Eukaryoter.

^ Woese C, Kandler O, Wheelis M (1990). «Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya». Proc Natl Acad Sci U S A. 87 (12): 4576–9. PMID 2112744. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Hallingbäck, T., et al: Nationalnyckeln till Sveriges flora och fauna, «Bladmossor», Artsdatabanken, SLU Uppsala, 2006, side 14-16.

^ Nature – Francesca D. Ciccarelli, Tobias Doerks, Christian von Mering, Christopher J. Creevey, Berend Snel,Peer Bork: «Toward Automatic Reconstruction of a Highly Resolved Tree of Life», Nature Nr 311, 2006. De kaller arkebakterier for en fyle («Phylum»).

^ Hallingbäck, T., et al: Nationalnyckeln till Sveriges flora och fauna, «Bladmossor», Artsdatabanken, SLU Uppsala, 2006.

^ Nature – Francesca D. Ciccarelli, Tobias Doerks, Christian von Mering, Christopher J. Creevey, Berend Snel,Peer Bork: «Toward Automatic Reconstruction of a Highly Resolved Tree of Life», Nature Nr 311, 2006.

^ Encyclopædia Britannica – agar

^ Encyclopædia Britannica, Inc., «Evolution of bacteria»

^ DeLong E, Pace N (2001). "Environmental diversity of bacteria and archaea". Syst Biol 50 (4): 470–78. PMID .

^ Brown J, Doolittle W (1997). "Archaea and the prokaryote-to-eukaryote transition". Microbiol Mol Biol Rev 61 (4): 456–502. PMID

^ ^{a b c} Espen Aas (2017) – Vi har funnet verdens eldste form for liv. Urix (web), NRK, 1. mars 2017. Besøkt 2017-03-01

^ Nano, 1 milliarddel. Se nano

^ Mississippi State University – Nannobacteria Arkivert 7. januar 2006 hos Wayback Machine.

^ ^{a b} Biosite - Gram negative og gram positive bakterier

^ ^{a b c d e f g h} *Michael T. Madigan, John M. Martinko, Jack Parker (2003). Brock Biology of Microorganisms, Tenth Edition. Pearson Education, Inc. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ ^{a b c} The Bacterial Cell Wall^{[død lenke]}

^ ^{a b} Medical Microbiology - A Brief Introduction Arkivert 2. juni 2007 hos Wayback Machine.

^ «Cyberlipid Center-Resource site for lipid studies - Lipopolysaccharides». Arkivert fra originalen 2. juni 2007. Besøkt 31. mai 2007. 

^ Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN

^ Poehlsgaard J, Douthwaite S (2005). "The bacterial ribosome as a target for antibiotics". Nat Rev Microbiol 3 (11): 870–81. PMID

^ ^{a b} Microbiology and Bacteriology - 2-34 Endospores are very resistant structures

^ Prokaryotic cell structure: Endospores Arkivert 8. juli 2007 hos Wayback Machine.

^ Nealson K (1999). "Post-Viking microbiology: new approaches, new data, new insights". Orig Life Evol Biosph 29 (1): 73–93. PMID 11536899

^ ^{a b} UiO Biologi - Regnum Bacteria - Bakterieriket

^ Stephen T. Abedon, Ohio State University - Important words and concepts from Chapter 5, Black, 1999 (3/28/2003) Arkivert 11. mai 2007 hos Wayback Machine.

^ Microbiology and Bacteriology - Macronutrients, Micronutrients and Growth Factors

^ Michael Knee, The Ohio State University – Bacteria Arkivert 15. juni 2007 hos Wayback Machine.

^ Sulfid er en fellesbetegnelse for en rekke stoffer

^ Polymerer betyr: å lage mange

^ For eksempel en kuleform har areal ${\displaystyle 4\pi r^{2}}$ og volum ${\displaystyle {\frac {4}{3}}\pi r^{3}}$ , slik at ${\displaystyle {\frac {\mathrm {areal} }{\mathrm {volum} }}={\frac {3}{r}}}$

^ Nakabachi A, Yamashita A, Toh H, Ishikawa H, Dunbar H, Moran N, Hattori M (2006). «The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella». Science. 314 (5797): 267. PMID 17038615. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Pradella S, Hans A, Spröer C, Reichenbach H, Gerth K, Beyer S (2002). «Characterisation, genome size and genetic manipulation of the myxobacterium Sorangium cellulosum So ce56». Arch Microbiol. 178 (6): 484-92. PMID 12420170. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Helsetilsynet.no, «BORRELIOSE (LYMES SYKDOM) Infeksjon med Borrelia burgdorferi (...)»^{[død lenke]}

^ Hinnebusch J, Tilly K (1993). «Linear plasmids and chromosomes in bacteria». Mol Microbiol. 10 (5): 917-22. PMID 7934868. 

^ Hastings P, Rosenberg S, Slack A (2004). «Antibiotic-induced lateral transfer of antibiotic resistance». Trends Microbiol. 12 (9): 401–4. PMID 15337159. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Brüssow H, Canchaya C, Hardt W (2004). «Phages and the evolution of bacterial pathogens: from genomic rearrangements to lysogenic conversion». Microbiol Mol Biol Rev. 68 (3): 560–602. PMID 15353570. CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)

^ Denamur E, Matic I (2006). «Evolution of mutation rates in bacteria». Mol Microbiol. 60 (4): 820–7. PMID 16677295. 

^ Wright B (2004). «Stress-directed adaptive mutations and evolution». Mol Microbiol. 52 (3): 643–50. PMID 15101972. 

^ Bokmålsordboka, «konjugere»

^ Davison J (1999). «Genetic exchange between bacteria in the environment». Plasmid. 42 (2): 73–91. PMID 10489325. 

^ MicrobiologyBytes, Bacterial Motility Arkivert 4. august 2007 hos Wayback Machine.

^ ^{a b} Randall Institute, King's College London, UK., The bacterial flagella motor.

^ Med flagellisjon menes hvordan flagellene er arrangert

^ ISCID Encyclopedia of Science and Philosophy - Flagellin

^ «Flagellin - definition from Biology-Online.org». Arkivert fra originalen 27. april 2007. Besøkt 31. mai 2007. 

^ ^ a b c Bardy S, Ng S, Jarrell K (2003). "Prokaryotic motility structures". Microbiology 149 (Pt 2): 295–304. PMID 12624192.

^ Engelsk: Interspecies hydrogen transfer

^ Stams A, de Bok F, Plugge C, van Eekert M, Dolfing J, Schraa G (2006). "Exocellular electron transfer in anaerobic microbial communities". Environ Microbiol 8 (3): 371–82. PMID 16478444

^ Barea J, Pozo M, Azcón R, Azcón-Aguilar C (2005). "Microbial co-operation in the rhizosphere". J Exp Bot 56 (417): 1761–78. PMID 15911555

^ O'Hara A, Shanahan F (2006). "The gut flora as a forgotten organ". EMBO Rep 7 (7): 688–93. PMID 16819463.

^ Zoetendal E, Vaughan E, de Vos W (2006). "A microbial world within us". Mol Microbiol 59 (6): 1639–50. PMID 16553872.

^ Gorbach S (1990). "Lactic acid bacteria and human health". Ann Med 22 (1): 37–41. PMID 2109988

^ Eksempel på probiotika i Norge: Idoform

^ Salminen S, Gueimonde M, Isolauri E (2005). "Probiotics that modify disease risk". J Nutr 135 (5): 1294–8. PMID 15867327

^ Fish D. "Optimal antimicrobial therapy for sepsis". Am J Health Syst Pharm 59 Suppl 1: S13–9. PMID 11885408

^ Belland R, Ouellette S, Gieffers J, Byrne G (2004). "Chlamydia pneumoniae and atherosclerosis". Cell Microbiol 6 (2): 117–27. PMID 14706098

^ Heise E. "Diseases associated with immunosuppression". Environ Health Perspect 43: 9–19. PMID 7037390.

^ Saiman, L. "Microbiology of early CF lung disease". Paediatr Respir Rev.volume=5 Suppl A: S367–369. PMID 14980298

^ Yonath A, Bashan A (2004). "Ribosomal crystallography: initiation, peptide bond formation, and amino acid polymerization are hampered by antibiotics". Annu Rev Microbiol 58: 233–51. PMID 15487937

^ Johnson M, Lucey J (2006). "Major technological advances and trends in cheese". J Dairy Sci 89 (4): 1174–8. PMID 16537950

^ Hagedorn S, Kaphammer B (1994). "Microbial biocatalysis in the generation of flavor and fragrance chemicals". Annu. Rev. Microbiol. 48: 773-800. doi:10.1146/annurev.mi.48.100194.004013. PMID 7826026

^ Cohen Y (2002). "Bioremediation of oil by marine microbial mats". Int Microbiol 5 (4): 189–93. PMID 12497184

^ Neves LC, Miyamura TT, Moraes DA, Penna TC, Converti A (2006). "Biofiltration methods for the removal of phenolic residues". Appl. Biochem. Biotechnol. 129-132: 130-52. PMID 16915636

^ I syntetisering av kjemikalier dannes biprodukter. Eksempel, forskjellige stereoisomeri som vil ha andre egenskaper.

^ Liese A, Filho M (1999). "Production of fine chemicals using biocatalysis". Curr Opin Biotechnol 10 (6): 595–603. PMID 10600695

^ Aronson AI, Shai Y (2001). "Why Bacillus thuringiensis insecticidal toxins are so effective: unique features of their mode of action". FEMS Microbiol. Lett. 195 (1): 1-8. PMID 11166987

^ Bozsik A (2006). "Susceptibility of adult Coccinella septempunctata (Coleoptera: Coccinellidae) to insecticides with different modes of action". Pest Manag Sci 62 (7): 651–4. PMID 16649191

^ Chattopadhyay A, Bhatnagar N, Bhatnagar R (2004). "Bacterial insecticidal toxins". Crit Rev Microbiol 30 (1): 33–54. PMID 15116762

^ Serres M, Gopal S, Nahum L, Liang P, Gaasterland T, Riley M (2001). "A functional update of the Escherichia coli K-12 genome". Genome Biol 2 (9): REEARCH0035. PMID 11574054

^ University of Pennsylvania Health System - Gram stain history and mechanism